在尼雅废墟的流沙中，可以看到保存完好的民居、畜舍，房盖虽然被风吹落，可高大的房柱却依然屹立在流沙之中。此情此景，不禁使人追问是什么导致了尼雅文明的兴衰。
有学者认为主要原因是环境恶化，也有学者认为是战争。有些学者否定了这两种看法，却又无法解释精绝国的神秘消失。
环境恶化论的持有者认为，尼雅遗址在民丰县尼雅河流域北边，而尼雅河当时属于塔克拉玛干沙漠地区一条中型河流，在秦汉时期，尼雅河水充沛，可以到达尼雅废墟一带。于是尼雅在河水的滋润下，精绝国林木葱郁，灌草繁茂，成为一个良好的绿洲。尼雅文明在绿洲中终于出现。但是，随着气候的变化，尼雅河出现了河道退缩的现象。
虽然卢文书中没有见到精绝国的"水官"，但精绝国从尼雅河通过人工渠引水入注，无论是农田灌溉，还是生活用水，都由官方统一调配，连接各村的主干渠道的放水口是固定的，不到规定放水时间或不经"水官"批准，不能随便开口放水，造成水资源浪费，是要受到惩罚的。而且，在出土的?卢文木简中也发现了这样的条款："砍伐活树，罚一匹马，砍伐树杈，罚母牛一头。"精绝国开始用法律手段保护水源和树木，可见环境已经恶化到必须通过法律强制保护的地步了。
即使如此，尼雅河最终还是断流了，原先"精绝国"的地方失去了水源，居民无法耕种与生活，最后只好离开这里，迁移到其他地方。于是尼雅的历史发展完全中断，成为没有人烟的废墟。水是生活之源，断绝了水源以后，胡杨林成片地死亡，飞禽、走兽也逃离了这里，于是尼雅逐渐成为没有生命的荒漠。
神秘消失于死亡沙海的精绝古国之谜
认为精绝国灭于战争的专家也做出了解释。从发掘到的?卢文解读内容来看，精绝国王朝长期受到西南方向的强大部落"SUPIS"人的威胁和入侵，可以说，精绝国是在预感大难临头中，忧心忡忡地度过了最后的日子。木牍的文字表明SUPlS人对精绝国的威胁到入侵是一步步地加深，如"SUPIS人之威胁令人十分担忧，余等将对城内居民进行清查"，"现有人带来关于SUPIS人进攻之重要消息"，"现来自且末之消息说，有来自SUPIS人之危险……兵士必须开赴，不管有多少军队……"显然精绝国人无法抵御强大的SUPIS人的进攻，"SUPIS人从该处将马抢走"，"SUPIS人抢走彼之名菩达色罗之奴隶"。
考古学家们在这个沉睡了1600年的废墟上，看到了宅院四周尸骨累累，内部各种遗物四处散落，房门敞开或半闭。用来存放?卢文的陶瓮密封完好没有拆阅，储藏室里仍有大量的食物，甚至纺车上还有一缕丝线。这一切似乎告诉人们尼雅王国在面临长期的入侵威胁后，遭到了惨重的致命一击，甚至没有留下最后的文字记载。东汉末年，汉朝国力衰弱，中原处于分裂与战乱，西域出现政治真空，此时西域发生各小国和部族相互侵吞的战乱也随之而来，所以精绝被他国或更强悍的部落毁灭也是可能的。但导致精绝国灭绝的"SUPIS"人在历史上从无记载，让人们对既凶猛又好侵占掳掠他国的"SUPIS"人留下种种猜测和不解。
更有人认为精绝国既不是毁于环境恶化也不是毁于战争，精绝国消失的原因有待进一步考证。他们认为考古学家并没有在尼雅遗址周围找到关于尼雅河大规模改道的证据，同时也并未在尼雅河上游发现任何人类聚居点的遗迹。另外，在尼雅遗址里，不少住宅周围都有巨树环绕，果园中林木整齐。住处附近从堆积的淤泥看，还有水塘的痕迹。
在这样好的生存环境中，很难说尼雅河会突然断流，导致精绝王国覆灭。即便是由于环境恶化，精绝举国迁移。可是，为什么没有开封的各类文书还整齐地放置在屋内墙壁旁?如果是因为环境的改变而搬迁，精绝人就更没有理由丢弃下官方的文件落荒而逃了。
而且，在尼雅遗迹中，没有断戟残剑沉埋沙中，所有出土的古尸，都是平静而又安详的。所有的房屋遗址，都是完整的。如果说精绝是毁于战争，又该如何解释这一切呢?
斯坦因曾记载他发掘一批文件的经历："从这批契约埋藏时得到的照顾以及对埋藏地点的标示来看，文书的主人明显是在紧迫中不得不离去，但却抱有重返的念头。鲁斯塔姆(发掘队员)一下就猜到那块标志的用意，因为现在农民被迫弃家而去时，他们仍然这样做。在掩埋时既没有遮盖，也没有用容器来保存这批极有价值的文件，这本身也清楚地表明离去之匆忙。"
而且，考古学家在尼雅遗址的一所房子废墟中发现一只狗的遗骸。它的脖子上拴着绳子，绳子的另一端拴在柱子上。显然，主人离去时忘了解开绳子，这只狗活活饿死了。究竟发生了什么事，让精绝国的官员匆匆离去而又觉得自己能马上回来，让狗的主人在离去时连爱犬的绳子都忘了解?但他为何又一去不返?如果说精绝的居民真的集体迁徙了，他们究竟迁到了哪里?考古学家没有发现任何线索。精绝国消失的真相到底在哪里，人们究竟能不能找到答案?也许，我们再也无法知道答案了。矗立在尼雅遗址上的古树亲眼目睹了当年商贾穿行的繁荣景象，也见证了精绝国的消失，它在沙漠的尽头，默默地注视着这一切……
