市委大楼发生盗窃杀人案，却没有人首先向林荫报告，而是秦志剑到现场后，才向林荫打电话报告。林荫赶到现场，刑警大队长罗厚平简要汇报案情，却不见牛明。罗厚平说和他联系不上。林荫告诉罗厚平，今后凡是发生特大案件，必须在第一时间报告他。牛明姗姗来迟，却指责罗厚平不向他报告，还撒谎掩饰自己的行踪，林荫揭穿了他的谎言。
市委万书记匆匆赶来，他的办公室也被盗，他不顾刑警保护现场的请求，十分紧张地闯进办公室。
万书记指责公安局无能。于海荣旁敲侧击，火上烧油。万书记故意冷落林荫，问牛明如何破案。牛明无能地表示不能保证何时破案。林荫表示一个月内破案，如果不破，将承担一切责任。
回到局里，林荫召集案情分析会，果断而周密地部署了破案步骤，明确了破案方向，令在座的人对他的业务水平十分佩服。林荫查阅了积案登记表，发现原有几个未破案件的案情与此案相似。林荫和秦志剑等人再次勘查现场，确认了作案手法与前几起案件一致。林荫决定并侦察。
时间一天天过去，随着对各种线索的深入分析，罪犯的形象更加清晰，秦志剑提出可通过电视台，公布案情和罪犯形象，动员群众提供线索。可电视台刚播了一天，万书记就发了火，说是影响清水形象，只得停播。刑警们只好沿用常规手段开展工作。
侦查工作进缓慢，郑光军、牛明等人却暗自高兴，等着看林荫倒台。郑提出此时是拉拢林荫的好时机……
秦志剑提出了新的破案思路，经过分析，推断罪犯是流窜作案，将犯罪嫌疑人的目标锁定在清水邻县宝山县。
秦志剑等人在宝山刑警的帮助下，很快找到了一个符合罪犯特征的人，叫沈勇，带回到宝山公安局刑警队审讯室。
审讯中，沈勇一口咬定案发那天他在家呆着。秦志剑想起去年自己还在刑警大队时，曾在一个被盗现场提取的一块玻璃碴上发现过指纹，于是，将沈勇的指纹提取下来，用传真发回清水局技术科比对。
雷雨行动第5集剧情介绍一个小时后，技术科打来电话说比对的结果是纹形不合。林荫等人深感失望，只好将沈勇放了。
秦志剑不甘心，赶回清水，重新检验。秦志剑发现那块有指纹的玻璃碴已不是当年自己提取的那块，上面的指纹也是新的。询问保管物证的技术科内勤蓝玉芹，她一口咬定就是这块，还翻了脸，骂秦志剑多管闲事。秦志剑赶紧打电话让林荫在宝山迅速将沈勇家监视起来。
在宝山汽车站，企图外逃的沈勇被年轻的刑警高翔拦住，一番激斗，终将沈勇制服。
面对从家中搜出的攀楼作案的工具，任凭牛明怒吼，沈勇依然闭目不语。秦志剑拿出从沈勇过去在部队中的立功证书，从情感上打动了沈勇，突破了他的心理防线。沈勇声泪俱下，说出了自己如何走投无路，为了生存所以走上犯罪道路的经历。这时方政委从清水打来电话，说何大来到了清水，要见林荫。林荫只得返回，牛明自告奋勇留下继续审问沈勇。
林荫驱车赶回清水，方政委已在皇朝大酒店门口等他。酒店女总经理陶素素将他们迎进。何大来见了林荫，说林荫架子大。林荫赶紧说好话，假装热情与他应酬。待林荫、方政委坐定，何大来说这顿饭是郑光军请的。
酒桌上郑光军兄弟频频向林荫敬酒、劝酒，说是要与林荫交个朋友，还暗示他在市人大常委会有朋友，可以帮林荫在人大通过任命时拉票。林荫心中蹿起火来，却又碍于何大来在场，只得忍住。
沈勇押回清水，林荫赶紧借此离开大酒店。林荫问方政委何大来到底来干什么，一句正经事也没说。方政委指出何的目的就是要林荫结识郑家兄弟，这就是正事。林荫又问陶素素是什么人，方政委说她是清水的美人、交际花。
林荫回到公安局，问秦志剑审讯沈勇的情况，秦志剑态度冷淡，让林荫去问牛明。牛明得意地告诉林荫，沈勇全交代了，来市近三年的撬盗办公室案件全部告破。
万书记与陶素素幽会时，得知市委盗窃案已破，他不仅不感到高兴，而且还显出紧张的神色。
