皇太极打消了对多尔衮的怀疑，反而认为他忠心耿耿，厚加封赏。多尔衮对庄妃的救命之恩感激万分，庄妃却劝多尔衮快快打消取代皇太极的念头。多尔衮颇为失落，但这反倒激发了他的野心，他发誓一定要夺取王位和庄妃。陈圆圆打入冷宫后，崇祯心情不宁。张嫣怕影响到朝政，只得出面请崇祯将陈圆圆放出。
陈圆圆与崇祯言归于好，两人登上万岁山俯视皇宫，快乐异常。但就在这时，陈圆圆还是发现崇祯牵挂着张嫣，两人又发生了冲突。皇太极得到传国玉玺，以为是上天授命。多尔衮乘机上劝进表，赢得了皇太极的进一步信任。在范文程的谋划下，皇太极正式登皇帝位，改国号为大清。
此时农民起义风起云涌，崇祯任洪承畴为五省总督，前往进剿，大败高迎祥。但李自成逃脱后，在商洛山收集旧部，祭奠高迎祥，继任“闯王”之位，立誓夺取大明江山。崇祯为在陈圆圆面前展示皇帝的威严，将高迎祥押赴京城处斩。不料高迎祥已死在途中。这场公审成了闹剧。
明末风云第11集剧情介绍庄妃怀孕，皇太极很是兴奋，给未出生的儿子取名福临。多尔衮在皇太极称帝后备受打击，又得知庄妃怀了龙子，妒火中烧。他去见庄妃，却被庄妃拒之门外。多尔衮便设下一计，乘庄妃去庙里进香，强行与她相见。多尔衮将庄妃灌醉后，试图强暴。庄妃醉意朦胧，却神志清醒，她心中哀痛之极，泪如雨下。多尔衮见庄妃如此哀痛，终于不忍下手，黯然离去。
皇太极雄才大略，与范文程定下入主中原方略：让清兵不断入关骚扰，消灭明军有生力量，剪去明朝枝叶;让农民军制造内乱，刨去明朝的老根，然后他再下山摘桃子。皇太极再次派兵进入长城。崇祯调洪承畴去对付清兵，终于稳定了局势。他又令杨嗣昌进剿李自成，也打了胜仗。崇祯这才松了口气。崇祯和陈圆圆的感情进一步发展，但每次都被张嫣从中干扰。陈圆圆不服，张嫣反令她呆在房间里织布，不得去见崇祯。
明末风云第12集剧情介绍庄妃生下福临，皇太极喜不自胜，下令进军边关，为福临降生庆贺。多尔衮来见庄妃，一时嫉恨，差点对福临下毒手。庄妃机智应付，这才化险为夷。但经此危机，庄妃对多尔衮萌生了恨意。虽然她的情感还忍不住被胆大妄为的多尔衮吸引，可内心里，已经对他倍加警惕。
她甚至想把多尔衮的图谋禀报给皇太极，可又怕刚生下的福临会因此失去父爱，日后难以继位，犹豫不定。原来，庄妃极有主见，也极有雄心，她的梦想是让她的儿子福临登上皇位。李自成进军洛阳，杀了福王，声势大振。崇祯罢朝三日，痛哭不已。杨嗣昌吃了败仗，怕崇祯治罪，自杀而死。
