抗日战争结束前夕，国、共、日三方对立，关系错综复杂。正在这时，曾被称为军统特务“密码宝典”的李海丰由重庆转投南京日伪政权，军统内部高层震怒，誓要除掉此人。
在执行抓捕亲共人员任务的时候，军统外勤余则成竟发现自己深爱的未婚妻左蓝与林怀复等激进人士关系甚密。左蓝的突然出现，让负责监听后发信号的余则成一时犹豫，以至于放走了目标人物“孟先生”,使任务落空。
虽然事后他能够自圆其说，但这一切却被他的顶头上司吕宗方识破。由于与军统总部人员并不熟络，身为外勤的余则成被戴笠看中，连同吕宗方一起，被秘密派往南京，刺杀叛徒李海丰。
抵达南京后，余则成化名劳文池，顺利的被安排进政保总署电讯处，安插在李海丰的身边。但事情远远没有想象的顺利，就在余则成摸清了李的行踪，要跟吕宗方接头的时候，吕却被枪杀了。
潜伏第2集剧情介绍枪杀吕宗方的人——马奎，很快被政保的人抓住，在审问中马奎交代，除掉吕宗方是军统的密令，因为吕是中共的人。余则成震惊至极。吕宗方死后，刺杀李海丰的行动暴露了。
潜伏剧照
余则成陷入了孤军奋战的尴尬境地，自己的身份、方向都陷入了迷雾。他在留与走之间矛盾着，但真心抗日的他最终还是单枪匹马锄掉了汉奸李海丰。本以为可以功成身退的余则成，被转移到了军统南京站，授予嘉奖。
为了了却吕宗方生前遗愿，余则成只身来到陕西会馆，却发现吕宗方早就安排左蓝在那等候他，意图策反他加入中共。正当余则成因为自己与左蓝身在对立阵营而踌躇不安的时候，暗杀李海丰的事情败露为他遭来杀身之祸，幸好被中共的人救回...
潜伏第3集剧情介绍可组织并没有把余则成派往延安，而是作为卧底反插回重庆，代号“峨眉峰”。当余则成以功臣的身份回到重庆，他获得了嘉奖和晋升，并被局长戴笠委以重任----把他派往军统局天津站协助站长吴敬中(余则成在青浦特务训练班时的老师)工作。
谁曾想此刻的余则成已经从惩戒军统叛徒的功臣，变成了中共安插在军统中的先棋。由于当年参加青浦特训班时填写的资料是已婚，刚到天津的余则成就被站长吴敬中勒令把妻子一起接来，他面对了一个大难题，到哪里去找一个太太呢?
面对压力，无奈下，余则成只好主动联络在天津的接头人——秋掌柜，期望在短时间内“造”一个太太出来....
