1948年，距第一届新政协会议召开还有99天，共产党积极争取国统区民主人士北上，为新中国奠基出谋划策、参与政协。武汉地下党员陈安携带从国民党内部影印的绝密文件，登上了由武汉开往上海的火车，准备与代号303的上海地下党负责人接头。陈安此去上海的另一要务，是到指腹为婚的未婚妻储兰云家吊唁，并协助303动员准岳父——中国著名法学家、民生党主席储汉君和国民党陆军高等指挥学校校长徐杰生北上。陈安在火车上得到地下党交通员阿冬的接应。
代号303的地下党重要负责人肖昆，命其助手贾程程发报给武汉方面，告知明日将亲赴火车站接应陈安。不想电文竟落入蒋介石派往上海的特派员廖云山手中。适逢廖云山爱徒肖鹏刚从美国西点军校毕业归国，廖云山将抓捕303的绝密任务交给肖鹏，作为其学成后的一项重大考验。
当晚，廖云山和肖鹏登上陈安乘坐的火车。观察力超群的肖鹏从几个极易忽略的细节识破阿冬身份，并顺藤摸瓜找到陈安。阿冬拼死掩护陈安，在中弹后的紧急关头为陈安打开了跳车的通道。眼见即将到手的重要筹码就要逃走，沉着的肖鹏并未对其强加阻拦，而施以强大的心理压力令陈安精神崩溃。陈安匍匐在肖鹏脚下，他叛变了!
在廖云山的指令下，肖鹏精心设计了以陈安为诱饵，抓捕303的作战方案。陈安对自己的处境深感绝望，只得配合。表面风平浪静的车站潜藏重重危机，每个进出口都有暗哨密布，等待着303踏入圈套。
肖昆的公开身份是贸易商行的老板，多年地下斗争造就了其坚韧不拔、胆大心细的性格。肖昆以调运一批丝绸作为行动掩护，命贾程程必须在第二次接到电报后才能进行接应，贾程程深感不解。与此同时，肖鹏也在火车上四处搜寻，终于，他找到了阿冬藏在行李车上的发报电台……
就在肖昆即将取消行动的最后一瞬，贾程程接到电报，二人准时出现在上海火车站。列车缓缓进站，站台危机四伏，肖昆突然有种不详预感。贾程程一见手拿接头暗号的陈安从车厢走下便急忙迎上。肖昆已来不及阻止，贾程程快步向陈安走去……
最后的99天分集剧情介绍 第2集肖昆看见车厢内正紧盯着贾程程的国民党军官肖鹏，登时心中一惊，想阻止贾程程却已来不及。千钧一发之际，肖昆冲着车厢大喊肖鹏。肖鹏一愣，周围并无防备的特务顿时进入战备状态。贾程程惊出一身冷汗，忙回身转向肖昆，陈安异常失望。原来，肖鹏正是肖昆同父异母的兄弟，二人分别三载，不料此番站台相见。肖昆临时取消接头行动，并将贾程程介绍给肖鹏。一场危机终于化险为夷。贾程程随肖昆离去时的回眸，勾动了肖鹏平静的心弦。
肖鹏手下丁副官趁肖鹏掩护廖云山离站的瞬间，在自己所处的车箱外留下记号，随即一个乞丐便上了这节车厢……
与此同时，陈安接到肖鹏发出的信号，独自登上一辆人力车。当人力车行驶到一处偏僻地方，乞丐突然出现直袭陈安。人力车夫敏捷掩护，肖鹏及时赶到，乞丐被捕。原来人力车夫是肖鹏安排的特务。
陈安以准女婿身份住进储家，进门便与坚决反对包办婚姻的储兰云发生争执。陈安行迹鬼祟，引起储汉君不安。
“乞丐”的出现证明国民党内藏有地下党员，肖鹏首先对丁副官产生了怀疑。丁副官面对肖鹏的语带机锋沉着应对，终获肖鹏信任，被派往基层查处内奸。丁副官欲将一株人参交给上海民主人士韩如洁，却未获肖鹏准许。
廖云山与徐杰生碰面，二人就铲除党内异己一事各执己见。自廖云山来到上海，徐廖之间的矛盾便日渐显现。徐杰生在先抗日还是先攘内的问题上与蒋介石严重不和而引退，做了陆军高等军官学校校长。蒋介石希望他能追随自己南下，共产党也在力争其北上参加人民政协。廖云山告知徐杰生，已从其学生中选取精英组成特别行动队。徐杰生因此事并未征得自己同意，更觉不满。章默美、于阿黛等几名优秀毕业生被组成特别行动队，直接受肖鹏指挥。肖鹏将储汉君管家之女章默美派往储家，命其监视陈安、保护储汉君。于是，章默美以师范学校毕业生的身份回到储家。与此同时，肖昆向贾程程提出对陈安的几点怀疑，并派贾程程以储汉君资料员身份进驻储家观察陈安。
在韩如洁再三请求下，肖鹏终于同意丁副官与韩如洁之弟韩光见面。丁副官把握最后时机，临行之际，将上书陈安叛变的纸条藏在指缝……
与丁副官交接后的归家途中，韩光被斜刺里冲出来的特务劫持，塞进一辆吉普车。载着韩光的吉普车在幽暗无人的林荫路上绝尘而去……
韩光在审讯中牺牲，肖鹏等人仔细搜查却未发现任何线索。此时，丁副官将并未送出的纸条暗中销毁……弟弟失踪，韩如洁心急如焚，找到肖鹏询问究竟。
