谜团1：秦陵地宫有无飞雁之谜。据《三辅故事》记载，楚霸王项羽入关后，曾以三十万人盗掘秦陵。在他们挖掘过程中，突然有一只金雁从墓中飞出，一直朝南飞去。斗转星移过了几百年，有一位三国太守张善还见到了这只金雁。
浏览史书，我们发现司马迁和班固都留下“黄金为凫雁”之说。至于说金雁制作精巧，而且还能飞，这也是有可能的。因为在春秋时期，鲁班已经能制造出木雁，能飞到天空，一直飞到宋国城墙上。
不过一个金属物体在空中飞翔要像风筝和轻气球那样简单易行，如果没有机械动力单靠自然界风力，不要说空中飞行，恐怕连起飞都成问题。再进一步分析，假设秦代有能力制作会飞的金雁，那么金雁埋入地宫之后将会不停地自动飞翔，一直在地宫内飞行了近一千个日日夜夜。如果这个奇闻不是传说，那么金雁的控制与指挥系统恐怕连今天的电脑也望尘莫及了。
谜团2：秦始皇使用铜棺还是木椁?秦始皇使用什么样的棺椁?《史记》、《汉书》均未明确记载。司马迁只留下一句“下铜而致椁”的含糊记录。于是有学者据此得出秦始皇使用的是铜棺。
但从文献记载而言，秦始皇未必使用的是铜棺。《史记》、《汉书》明文记载：“冶铜锢其内，漆涂其外。”“披 以珠玉，饰以翡翠”，“棺椁之丽，不可胜原。”这里“漆涂其外”、“饰以翡翠”的棺椁恐怕只能是木质的了。
如果是铜棺或石棺肯定用不着土漆涂其外，而只有木棺才可能使用土漆。从先秦及西汉的棺椁制度考察，使用“黄肠题凑”的大型木椁是当时天子的特权。自命功劳大过三皇五帝的秦始皇不可能放弃“黄肠题凑”的木椁而改用其它棺椁。
谜团3：地宫有没有空间?目前考古勘探表明，秦陵地宫为竖穴式。墓内可能有“黄肠题凑”的大型木椁。如果是竖穴木椁墓，墓道及木椁上部都以夯土密封。这样一来，墓室内外严严实实，不会再有空间。
然而，陵墓主持者之一李斯则说：“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状。”李斯这段话如果记载无误，那地宫明显有个外壳。按理这段话不会有假。因为李斯曾以左丞相身份亲自主持过陵墓工程，对地宫的构造了如指掌。加之这段话是当面向圣上汇报的，应该说不会有掺假嫌疑。
如果按李斯所言可以推断秦陵当是一座密封的、真空的大地堡式 地宫。不然，怎么会“叩之空空”?又怎么会“烧之不燃”?按文献记载推理地宫是空的，且有较大的空间，但由于考古勘探尚未深入到地宫的主要部位，所以地宫内部究竟是虚是实目前还是个谜。
谜团4：幽幽地宫深几许?据考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场。通过考古钻探进一步证实，幽深而宏大的地宫为竖穴式。司马迁说“穿三泉”，《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢?
尽管这一推断悬殊太大，但却首开了利用现代科技手段探索秦始皇陵奥秘的先河。国内文物考古、地质学界专家学者对秦陵地宫深度也作了多方面的研究探索。根据钻探资料，秦陵地宫并没有人们想像的那么深。实际深度应与芷阳一号秦公陵园墓室深度接近。
这样推算下来，地宫坑口至底部实际深度约为26米，至秦代地表最深约为37米。这个数据应当说不会有大的失误，这是依据目前勘探结果推算的。但是否如此尚有赖于考古勘探进一步验证。
谜团5：自动发射器?早在两千多年以前，人们就开始在墓穴中设置一些主动防卫的设施，既起到射杀盗墓者的目的，又能杀一儆百，吓唬有盗墓企图的人。而秦始皇在防止盗墓方面也苦费心机。《史记》记载:秦陵地宫“令匠作机弩矢，有所穿进者辄射之。”指的是这里安装着一套自动发射的暗弩。如果记载属实的话乃是中国古代最早的自动防盗器。
秦代曾生产过连发三箭的弓弩。但是安放在地宫的暗弩当是一套自动发射的弓弩。当外界物体碰到弓便会自动发射。2200多年前的秦代何以生产如此高超的自动发射器也是一大谜。
