宣祖提出要废除水军，遭到了柳成龙的强烈反对，宣祖一怒之下将此事交予备边司会议讨论。
会议上，柳成龙李德馨李元翼等南人一派与兵判洪汝淳申砬等人展开激烈的辩论。
北人首脑李山海居然赞同柳成龙的意见，斥责了洪汝淳，并上书宣祖反对废除水军。
宣祖单独召见洪汝淳，对李山海对抗王权一事非常不满。
在日本，加藤清正与小西行长两军对抗训练，其后小西与加藤还单打独斗比武，最终加藤赢了小西。
秀吉在得知朝鲜准备废除水军一事后非常高兴，开始加快战争进程。
北政所夫人拜托前田利家，让他劝秀吉收秀次为义子。作为未来的继承人。
秀吉明白北政所的野心，决定让秀次担任关白负责内政，而秀吉则自号太阁掌握兵权。
在明朝，宁夏蒙古人发动叛乱，万历皇帝满不在乎，让石星自己去调兵平叛。
而在朝鲜，申砬考察军队，却发现士兵训练非常不合格，便惩罚了军队长官。
宣祖请李山海下棋，警告他不得对抗王权。宣祖下令水军禁止建造龟甲船，遭到了李舜臣的反对。柳成龙因此被召进宫，受到了宣祖的斥责。
韩剧惩毖录第12集剧情介绍宣祖因为李舜臣私自建造龟甲船一事大发雷霆，柳成龙表示建造的经费没有用朝廷的钱。
宣祖认为自己只是为了维护王权，并非置百姓于不顾。然而宣祖在读了李舜臣的上疏后决定同意建造龟甲船。
在日本名护屋，丰臣秀吉召集各地军队准备出征朝鲜。对马岛因为没派兵，所以宗义智遭到了秀吉的审问。
之后宗义智只能无奈让老弱妇孺充作军力。加藤清正处决了一名与妻子团聚的逃兵，引起了他的部将沙也可的不满。
琉球国密报日本侵略的消息给明朝，激怒了万历皇帝。石星劝万历帝先平定哱拜之乱再说。
宣祖亲耕礼，预祝今年大丰收。整个朝鲜沉浸在和平中，对即将到来的战争毫无准备。
而丰臣秀吉已经集齐了全部的军队，发表宣言要征服大陆。
宗义智偷偷潜入朝鲜通报战争到来的消息，但仍然没有引起朝鲜的警惕。
宣祖和北人党还试图抓捕宗义智。这导致小西行长下定决心征服朝鲜。终于日本大军浩浩荡荡向朝鲜半岛进击。
韩剧惩毖录第1集剧情
宣祖惩治反贼郑汝立
1605年，“惩毖录”作者柳成龙带病书写历史，当年的抗倭名将李将军带领战士们浴血奋战以少胜多。柳成龙写完一部份内容已是体力不支，虚弱的身体令柳成龙忍不住轻咳几声。
时间回到1589年，宣祖顺利成为新任皇帝，登位之时宣祖准备举行大典，柳成龙对宣祖举行大典的方式颇有微词，一个官员跟柳成龙产生争执，两人当着宣祖的面互不相让，另外一个官员主动提出新的建议供宣祖参考，宣祖觉得提出新建议的官员的想法不错，当场同意采纳官员的新建议。
柳成龙见宣祖采用其它新建议，心中升起失落退朝离去。宣祖登基不久不太愿意跟其它邦国来往，柳成龙不赞成宣祖的立场，极力劝说宣祖跟其它邦国建立来往，宣祖被柳成龙逼得没有办法只得同意跟其它邦国来往，虽然同意跟其它邦国来往，但宣祖要求柳成龙不能给其它邦国的来使带领部队进入本国国土中。
韩剧惩毖录剧照
跟柳成龙谈完国事宣祖回到寝宫，皇后见宣祖心情烦恼，脸上升起关怀盘问宣祖遇到了什么不开心的事情。
关白抓到了平义，平义和另外一个伙伴被关白押到院子里面，关白杀气腾腾看着平义的伙伴，关白的一个手下拿起一把长剑杀死了平义的伙伴，平义看着伙伴死在当场，脸上升起惶恐担心自己也要被杀死。
关白数落手下人在院子里面杀人，干净的院子因为死了人沾上了腥风血雨，关白一边数落手下一边离开院子，平义被关白的手下押到房间里面。
关白没有打算杀害平义，而是希望平义能传话给宣祖，平义唯唯诺诺不敢反对关白的要求，关白提醒平义如何不按照他的指示办事，所有族人都要被屠杀。
叮嘱完了平义，关白离开房间扬长而去，关白的手下蹲下身子将沾在剑上的血涂到平义脸上，平义吓得噤若寒蝉不敢吭声。
倭寇侵犯宣祖的国土，沿海百姓被倭寇杀死打伤无数，许多百姓在混乱中逃跑，一个妇女抱着一个孩子想逃走，一名倭寇举起长剑捅死妇女，妇女抱着怀中的孩子倒在地上再也没有爬起来。
宣祖得知沿海百姓被倭寇入侵，心中愈发坚定不跟日本国家建交，朝中一部份大臣希望宣祖能跟日本建交，一部份大臣反对宣祖跟日本建交，反对宣祖跟日本建交的大臣来到殿外跪拜宣祖，希望用实际行动阻止宣祖跟日本建交。
民间跟宫中同样分出两派，一派支持宣祖跟日本建交，另外一派反对宣祖跟日本建交，两派的百姓聚集在一起谈论跟日本建交的事情，双方一言不和产生冲突然。
宣祖被是否跟日本建交的问题搅得心烦意乱，许多官员跪在殿外希望宣祖能给个明确的立场，宣祖打开房门出现在官员们面前，官员们个个跪在地上希望宣祖能表态，宣祖愁眉苦脸看着所有官员一时之间不知如何是好。
平义代表日本拜见宣祖，宣祖接见平义的时候提起倭寇，倭寇时常在宣祖的国界烧杀抢掠，宣祖一脸敌意不想跟平义交好，平义找宣祖的目的就是想代表日本跟宣祖的国家建交，宣祖不太相信平义的为人，平义提醒宣祖不要把倭寇和日本混为一谈，虽然倭寇属于日本人，但不代表是日本国家的行为。
宣祖见平义说得有几分道理，计上心来要求平义放掉之前被倭寇们绑走的百姓们，平义的伙伴觉得宣祖的要求太高，平义为了能跟宣祖和平谈判同意事后救回被倭寇绑走的百姓们。平义的伙伴见平义夸下海口向宣祖做出保证，吃了一惊心急如焚看着平义。在伙伴的注视下平义面色平静没有一丝紧张的神色，看起来像是非常有信心能帮宣祖救回被倭寇绑走的百姓。
郑汝立造反，宣祖派出手下人捉拿郑汝立，郑汝立不久之后被宣祖派出的人杀害，其它跟郑汝立关系好的朋友都被宣祖调查，一些身居要职的官员曾经跟郑汝立计划一起造反，宣祖彻查了许多身居要职的官员。
柳成长得知宣祖为了查办郑汝立惩治其它官员，心中升起不安来到殿外想拜见宣祖，宣祖坐在殿中不想跟柳成龙见面，柳成龙跪在殿外呼喊宣祖的名号，宣祖坐在殿内不肯宣见柳成龙，柳成龙跪在地上不肯离去，一声接一声呼喊宣祖，宣祖坐在殿内已是心乱如麻，柳成龙跪在殿外一声接一声呼喊宣祖。(原创剧情，转载请注明出处!)
韩剧惩毖录第2集剧情
宣祖研制秘密武器
平义的伙伴见平义夸下海口向宣祖做出保证，吃了一惊心急如焚看着平义。在伙伴的注视下平义面色平静没有一丝紧张的神色，看起来像是非常有信心能帮宣祖救回被倭寇绑走的百姓。
郑汝立造反，宣祖派出手下人捉拿郑汝立，郑汝立不久之后被宣祖派出的人杀害，其它跟郑汝立关系好的朋友都被宣祖调查，一些身居要职的官员曾经跟郑汝立计划一起造反，宣祖彻查了许多身居要职的官员。
柳成长得知宣祖为了查办郑汝立惩治其它官员，心中升起不安来到殿外想拜见宣祖，宣祖坐在殿中不想跟柳成龙见面，柳成龙跪在殿外呼喊宣祖的名号，宣祖坐在殿内不肯宣见柳成龙，柳成龙跪在地上不肯离去，一声接一声呼喊宣祖，宣祖坐在殿内已是心乱如麻，柳成龙跪在殿外一声接一声呼喊宣祖。
反贼郑汝之被宣祖处决，许多官员受到达联，郑大人趁着郑汝之被处决之时抓捕许多敌对官员，虽然有一些官员跟郑汝之造反没有关系，但郑大人还是抓了很多无辜官员。
柳成龙不希望看到朝中官员自相残杀，只得来到殿外跪见宣祖，宣祖坐在殿内不想接见柳成龙，柳成龙跪在地上连声呼喊宣祖，宣祖坐在殿内虽然被柳成龙搅得心烦意乱，但就是不肯开门接见柳成龙。
柳成龙跟李山海谈论朝中官员被抓捕的事情，两人心知郑大人是借着抓郑汝同党的借口陷害其它敌对官员，朝中大部份官员皆被郑大人抓走，宣祖对郑大人的行为不问不管，柳成龙与李山海想不明白宣祖的心思。
郑大人抓完所有官员来到宣祖身边复命，宣祖同意郑大人抓捕柳成龙，柳成龙猜到郑大人一定会为难他，所以提前穿上囚服入宫拜见宣祖，宣祖一脸惊讶看着穿着囚服光着脚的柳成龙步入宫殿，天气虽然寒冷柳成龙却没有一丝感觉，宣祖拿柳成龙反而没有办法，柳成龙声称自己也是郑汝之的同党。
关白跟手下人商量如何入侵朝鲜，朝鲜是郑白非常向往的地方，关白计划派人入侵朝鲜，手下人个个跃跃欲试认定朝鲜是鸡蛋国家轻而易举就能打败，关白跟手下人开完会亲自给王子喂食，所有手下一脸恭敬高举双手高呼王子万岁。
宣祖与柳成龙一起研究火雷，倭寇在武器装备上优于朝鲜，宣祖心知必须研究出先进的武器才能打败倭寇，在宣祖的督促下管理武器的官员研究出了火雷，宣祖叮嘱柳成龙不要对外泄露火雷的秘密，如果泄露了火雷秘密倭寇一定有所防范。
一批倭寇被朝鲜军队抓走，千智认出了其中一个倭寇叫沙华桐，沙华桐跟其它倭寇被关入到牢中即将被砍头，千智来到牢房里面找到了沙华桐，沙华桐一脸茫然不记得千智，千智谎称跟沙华桐是童年时代的伙伴，沙华桐一脸茫然依然记不起童年时代认识千智，千智趁着沙华桐发呆的时候拿出匕首想杀死沙华桐，沙华桐吃了一惊已经忘记后退，紧急关头中柳成龙赶了过来阻拦千智杀掉沙华桐，千智一脸悲愤向柳成龙讲述家人被沙华桐杀害的过程，柳成龙提醒千智不要因为私人恩怨引影国事。
当年沙华桐跟其它倭寇杀害了千智的家人，千智悲痛欲绝掩埋家人的尸体，家人全部被沙华桐为首的倭寇们杀害，千智掩埋家人之前悲声呼喊家人。
柳成龙从千智手中夺回匕首，千智含着眼泪依然没有从痛失家人的悲痛中恢复过来。沙华桐则是一副惊魂不定的模样一声不吭。
不久之后，宣祖来到刑场上监督官差处斩沙华桐以及其它几个倭寇，沙华桐跪在木板上惶恐不安，行刑官挥刀砍死了一个倭寇，紧跟着又有一个倭寇死在行刑官的砍刀下，沙华桐已是吓得魂不附体大脑迅速转动思考如何脱身，几个倭寇相继被行刑官斩杀只剩沙华桐一个人，沙华桐瞪着惊恐不安的眼睛不想死在行刑官手中，行刑官举动准备砍死沙华桐，沙华桐高声对宣祖说话声称知道机秘事情，柳成龙认为沙华桐是想拖延时间，脸上升起不悦催促行刑官赶紧下手，眼看行刑官就要砍死沙华桐，沙华桐忽然高声提起火雷武器，火雷武器只有宣祖和柳成龙知道，当初宣祖叮嘱柳成龙保守火雷武器秘密不能向外界泄露，沙华桐离奇的知道宣祖研究的火雷武器，宣祖与柳成龙皆是吃了一惊。(原创剧情，转载请注明出处!)
韩剧惩毖录第3集剧情介绍沙火同交待了日本细作潜伏朝鲜的情报。柳成龙凭借此情报，派出申砬将军去捉拿间谍。
柳成龙和申砬识破了金蝉脱壳之计，终于在济物浦击毙了日本细作，夺回了飞击震天雷的设计图。
宣祖因此决定向日本派出通信使。与此同时，日本小田原城的大名北条氏政叛乱，丰臣秀吉调动兵马平叛。
秀吉表达了日后利用小西行长侵略朝鲜的想法。因为通信使问题，西人党利用日本细作的事件，发起公论企图将柳成龙赶下台。
宣祖被朝臣党争气得病倒，引起了王子临海君的不满。
不料宣祖却偷偷派人将西人党的谋士宋翼弼抓获，并斥责了郑澈发动党争的行为。
而柳成龙却在此时明白，当初利用郑汝立事件打击东人党的幕后黑手竟是宣祖本人。
韩剧惩毖录第4集剧情介绍柳成龙质问宣祖为何要利用郑汝立事件杀害那么多无辜的官员和儒生，宣祖表达了他想维护王权反对臣权的想法。
因为对权力问题看法不同，柳成龙和李山海发生了矛盾。
然而，关在牢内的宋翼弼向郑澈献计，企图拥立世子夺取宣祖的王权。
尹斗寿认为应该拥立光海君为世子。
另一方面，抵达日本的朝鲜通信使黄允吉金诚一被告知无法面见日本国王，只能面见关白丰臣秀吉。
而丰臣秀吉也击败了北条氏直，回到京都接见朝鲜通信使。
小西行长和宗义智买通译官，企图调和接见使臣的沟通问题。
丰臣秀吉在接见时戏弄了通信使，引起了金诚一的极度不满。
东人党与西人党决定和解。双方首脑在妓院商讨时，宣祖竟然微服私访至此。
韩剧惩毖录第7集剧情介绍通信使为了日本是否侵略朝鲜一事在朝堂上争执，也没有得出结论。朝廷大臣则询问书状官。
书状官讲述了他在日本遇到南蛮人的事情。柳成龙微服南下，视察下三道百姓的情况。
下三道百姓因为倭变引起恐慌，纷纷北上逃难，并表达了对国王的不满。
同时侨居在釜山倭馆的日本人陆续回国，但有间谍来到了朝鲜。在日本，感慨弟弟秀长之死的丰臣秀吉表达了要学习成吉思汗征服大陆的野心。
鹤松突发疾病，刺激了秀吉加快侵略朝鲜的步伐。他强迫全国领主在一年内修筑侵朝基地名护屋城。
而在明朝，兵部尚书石星听取了商人朱均旺关于朝鲜和日本联合侵略明朝的情报。但是沉迷于酒色的万历皇帝却对此一笑置之。
柳成龙对朝鲜南海岸的防御状况感到担忧，对宣祖如实汇报了倭变带来的民心混乱状况。
李山海为安抚民心反对过分担忧倭变。宣祖则宣称只要日本胆敢侵略朝鲜，他就要征服日本。
韩剧惩毖录第8集剧情介绍宣祖表示要讨伐日本，意图稳定民心。朝鲜朝廷一方面整顿军备，另一方面抓捕倭变的造谣传播者。
柳成龙根据丁亥倭变的教训提出了新的防御思路，遭到了申砬李镒的反对。
而在日本，小西行长伪造国书企图说服朝鲜避免战争。没想到宣祖却把宗义智送来的国书给烧了。
丰臣秀吉不怒反喜，认为找到了侵略朝鲜的名分。小西行长见战争无法避免，便推荐德川家康出任前锋。
在朝鲜，很多百姓都在逃兵役。柳成龙亲自前往查看，遇到了一些因为逃兵役而杀害士兵的百姓。
虽然柳成龙说服了这些百姓，但他们还是被官兵杀死了。
宋翼弼一针见血地指出宣祖整顿军备的真实目的是保住他自己的地位。
郑澈召集全体西人党再次奏请册封世子，却惹来宣祖震怒。李山海趁机奏请宣祖除掉郑澈。
韩剧惩毖录第5集剧情介绍宣祖警告李山海郑澈等人不许再搞党争，这反而坚定了西人党要拥立世子的想法。
宋翼弼认为要拥立世子必须得到东人党的协助。而为了平衡两党势力，宣祖任命柳成龙兼职吏曹判书。
另一方面，去日本的朝鲜通信使被滞留在大坂。丰臣秀吉准备了一封傲慢的国书交给了朝鲜使臣，遭到了金诚一的激烈反对。
小西行长对国书略作修改并歪曲原意糊弄通信使，终将他们送回朝鲜。黄允吉散播了日本可能侵略朝鲜的消息，引起了朝鲜国内的恐慌。
西人党想利用这个机会奏请宣祖册封世子，并要东人党共同上书。李山海假意答应郑澈，却背地找宋翼弼识破了他的计谋。
之后李山海通过金公谅让金贵人去阻止宣祖建储。朝堂上，郑澈带着柳成龙正式奏请宣祖册封世子。
韩剧惩毖录第6集剧情介绍柳成龙拒绝协助西人党奏请册封世子。宣祖则因为建储问题恼恨郑澈，金贵人则点出了郑澈真正的阴谋。
没有东人党协助的西人党集体出动奏请册封世子，仍然被宣祖拒绝。而在日本，丰臣秀吉表示了一定要侵略朝鲜的决心。
琉球国王子出使日本，遭到了秀吉的训斥，被威胁向日本朝贡。而小西行长则打算伪造国书欺骗朝鲜以避免战争爆发。
另一方面，朝鲜朝廷为了加强军事防备，准备提拔一批将领。柳成龙举荐了李舜臣，却遭到了西人党的反对。
郑澈诬蔑李舜臣向柳成龙行贿。尹斗寿前往调查柳成龙的家，在读了李舜臣母亲的信件后，终于证实了李舜臣和柳成龙的清白。
为反击西人党，李山海则上疏弹劾郑澈，让宣祖趁机调整了朝廷人事。通信使黄允吉金诚一晋见宣祖，但因意见矛盾在朝堂上争执了起来。
韩剧惩毖录第9集剧情介绍宣祖派人到郑澈家抄家，并把郑澈软禁了起来。金贵人试探光海君和临海君，发现光海君深不可测的内心。
李山海奏请宣祖将郑澈处死。柳成龙得知此事后坚决反对处死西人党首长。
李山海和柳成龙因此结怨，东人党也分裂为北人党和南人党。
宣祖夜访郑澈，回忆往昔，最终饶了他的性命。然而西人党官员还是从朝廷被清洗了出去。
在日本，丰臣秀吉准备亲征朝鲜，前田利家出面阻止了秀吉。
秀吉之子鹤松突然去世，秀吉悲痛欲绝，下令召集全国领主尽快侵略朝鲜。
朝鲜准备派使臣去庆贺万历皇帝寿辰，大臣们在争论是否该把日本准备侵略大陆的事情主动告知明朝。此时传来了庆尚道发生民乱的消息。
韩剧惩毖录第10集剧情介绍李山海认为民乱爆发的原因是修筑防备倭变的城池引起百姓过度的劳役。
金诚一也上书希望宣祖能停止筑城的劳役。
柳成龙极力反对，认为倭变的可能性非常大，并提出要向两班贵族征税。
然而宣祖还是停止了百姓筑城的劳役。
万历皇帝接见朝鲜使臣，指责朝鲜没有及时把朝日通使之事汇报明朝，并要求朝鲜停止军事训练。
丰臣秀吉进行侵略朝鲜的战争部署，任命小西行长统帅先锋军队。
而小西却希望借此机会再和朝鲜进行外交接触。
宣祖收到了被明朝指责的消息，愤怒之余将事件责任推到了柳成龙头上。
柳成龙准备辞职，被李恒福阻止。为筹备军布建造战船，柳成龙拜托兵判洪汝淳，却遭到拒绝。
李德馨调查发现了洪汝淳与金公谅贪腐的问题，靠这个把柄从金公谅那里拿到了军饷。
宣祖却突然提出要废除水军。
韩剧惩毖录第13集剧情介绍1592年4月13日，日本大军抵达朝鲜釜山镇。
釜山镇的守军开始没有预估到日军到规模，后来才发现他们是日本本土的正规军。
釜山镇佥使郑泼领兵守城。日军使用鸟铳，很快攻破了城门，进入釜山镇后大肆屠杀。
郑泼力战而亡，庆尚左水使朴泓烧毁粮草后逃跑。
小西行长只用了半天时间就占领了釜山镇。战争消息传到朝廷，宣祖深夜召集众大臣商议。
李山海坚持认为倭寇规模不大，而柳成龙认为日军必有更多军队攻过来。
备边司会议决定派申砬和李镒率兵南下抗敌。然而很多儒生却要准备科举考试，不愿参与战争。
金公谅认为倭变问题不大，劝金贵人无需担忧。而光海君此时却提出重用西人官员。
小西行长劝东莱府使宋象贤投降，遭到严词拒绝。
东莱城很快被攻破，宋象贤战死。丰臣秀吉想去朝鲜，被前田利家阻止。
加藤清正不满功劳被小西独占，决定立即带兵前往朝鲜。
兵曹判书洪汝淳调兵不力，终被罢免。战争的紧急情况令宣祖心痛不已。
韩剧惩毖录第14集剧情介绍宣祖因战争的消息气急病倒，但仍然带病上朝，并要求逮捕金诚一。
申砬决定召集军队与日军决战，临走前却有不详之兆。
小西行长屠杀朝鲜百姓，恼恨无法直接去与朝鲜官员会谈。
大邱守军惧怕日军竟然自行逃跑解散。宣祖听从柳成龙建议无奈让金诚一复出召集百姓从军。
加藤清正率领第二军登陆朝鲜，向汉阳进军。小西行长攻打尚州，而驻守汉阳的李镒丝毫没有警惕，被日军打了大败。
丰臣秀吉对小西的表现很满意，而小西却密信石田三成准备与朝鲜议和。
宣祖对战事不利感到心痛，柳成龙和众大臣奏请册封世子稳固国本。宣祖无奈只能同意。
然而临海君和金贵人却无意这个战乱时期的世子。
李德馨作为使臣被派去与小西行长议和。申砬不听从李镒的劝告，放弃了有埋伏优势的鸟岭。
最终申砬的军队与小西行长的军队在弹琴台展开决战。
韩剧惩毖录第17集剧情介绍柳成龙与李山海被赶出了朝廷。这时李德馨传来了汉阳沦陷的消息，宣祖决定再次播迁。宇喜多秀家下令小西行长停止进军。
加藤清正气愤小西行长争功，却又无法追击朝鲜朝廷。小西行长给朝鲜百姓分发粮食收获民心。沙也可率军向朝鲜军队投降，令朝鲜人震惊不己。
柳成龙坚决反对宣祖再次播迁，与尹斗寿发生激烈冲突。宣祖召见柳成龙，给他看了全罗监司李洸的军队逃跑的消息，表达了坚决播迁的意图。
在日本，丰臣秀吉得知了宣祖逃跑的消息，准备继续进军攻打明朝。石田三成希望秀吉再等一年出兵明朝，引起了秀吉的震怒。
宁宁刁难淀殿，遭到了秀吉的训斥。在明朝，万历帝表示一定会册封郑贵妃之子朱常洵为太子。石星通报日本侵略朝鲜的消息，万历帝让石星派使臣去朝鲜打探情况。
在朝鲜，宣祖没有继续追究李山海的罪责。朝鲜朝廷离开开城前往平壤。柳成龙顺便带上了火炮工李长孙。在全罗左水营，尽管兵力不足，但李舜臣将军依然誓师要击败倭军。
韩剧惩毖录第18集剧情介绍李山海嘱托柳成龙一定要发动百姓的力量抗击日本。柳成龙换上白衣跟着宣祖。宇喜多秀家在汉阳召集日军将领开会。
小西行长、加藤清正和毛利吉成分别被派去攻略平安道、咸镜道和江原道。朝鲜朝廷收到了沙也可投降的消息。尹斗寿和洪汝淳认为这是日军的诈降。
光海君却相信沙也可。柳成龙认为要通过沙也可学习鸟铳技术。李舜臣水军试验火炮，在几场海战中都击败了日军。
日军震惊，在得知朝鲜军尚存大量兵力的前提下，决定先发制人攻打平壤。朝鲜朝廷集结了大量军队在临津江防御线，准备在平壤与日军决一死战。
李山海告诫女婿李德馨一定要好好辅佐君上保卫国家。都元帅金命元被任命防守临津江。副元帅申恪擅自出击日军被金命元弹劾。
宣祖下令处决申恪。然而申恪却击败了日军。宣祖赶紧下令收回处决令。可为时已晚，申恪被斩。韩应寅被任命为新的副元帅，与金命元甚为不合。
李舜臣击败日本水军的消息传到日本，丰臣秀吉要求石田三成立刻去朝鲜对付李舜臣。宣祖给百姓分发粮食，发誓要在临津江之战击败日军。柳成龙却认为临津江之战不容乐观。
韩剧惩毖录第19集剧情介绍柳成龙认为临津江朝鲜防守军队的指挥权会有问题。宣祖则把军队全权交给了韩应寅。加藤清正企图擅自调兵攻打临津江。
宇喜多秀家无法阻止，便让小西和加藤一起攻击朝鲜军。韩应寅执意要急攻日军，处死了反对他的李珏。
柳成龙听说了义兵的消息，感到欣慰。义兵首领郭再佑率军突袭日军粮草部队，获得胜利。
归顺朝鲜的沙也可也跟随郭再佑。郭再佑号召更多的朝鲜百姓加入义军。在日本，丰臣秀吉了解了日军在朝鲜的战况。小西行长献上了朝鲜八道完全地图。
秀吉要石田三成去朝鲜统军建城。在临津江，加藤清正与韩应寅两军对峙，大战一触即发。
郑澈被召回朝廷，李洸的勤王军也抵达了汉阳。小西行长要加藤清正先退兵，加藤竟然同意，实质是要引诱朝鲜军出击。
韩应寅果然中计，率兵出击，结果遭致大败。朝廷大臣却忙于推卸责任。宣祖准备要离开平壤继续北逃。
柳成龙却给朝廷带来了玉浦海战胜利的消息。原来不久前李舜臣指挥全罗道水军在玉浦击败了日军藤堂高虎的水军。
韩剧惩毖录第20集剧情介绍宣祖嘉奖李舜臣胜战的功劳。石田三成到达釜山，部署对平壤城的攻击和对汉阳的防御。
宇喜多秀家派胁坂安治在龙仁迎击全罗道的勤王军。勤王军将领李洸不听权栗的建议，结果在龙仁被日军击败。宣祖召开备边司会议商讨对策。
柳成龙李恒福认为要请求明朝派援军，遭到了尹斗寿郑澈的强烈反对。柳成龙会见明朝使臣林世禄。
林世禄认为日本和朝鲜同谋侵略明朝。柳成龙亲自带林世禄前往前线，探查日军实情。郭再佑率义兵再次击败日军，宇喜多大怒。
宣祖同意向明朝求援。李德馨会见玄苏进行和谈，却没有谈拢。宣祖决定离开平壤继续播迁。平壤百姓暴动，围攻准备播迁的王室和朝廷。
柳成龙出面劝退了这些百姓。宣祖派李德馨到明朝求援。尹斗寿则留下坚守平壤。李舜臣部署下一步的海战，并拜托百姓帮他收集朝鲜各地的情报。
丰臣秀吉强令小西行长继续进军，而此时朝鲜军队偷袭了小西的军营。小西在追击朝鲜军的过程中发现了突袭平壤的捷径。
林世禄告诉柳成龙，明朝辽东副总兵祖承训很快便带援军过来。然而平壤城却已经被日军攻破了。
韩剧惩毖录第21集剧情介绍官兵向柳成龙汇报了日军渡过王城滩攻陷平壤的消息。小西行长从平壤城获得了军粮补给。与此同时，日军四面出击，朝鲜军队也在各地抵抗。朝鲜朝廷逃到平安道义州。
李恒福劝宣祖要坚持下去，等待明朝援军。宣祖打算效仿安南王内附中国，却遭到了群臣的一致反对。宣祖又打算临时让位给光海君，仍然遭到群臣反对。最终宣祖决定分朝，让光海君另立朝廷抵抗日军。
李舜臣向柳成龙传来了海战胜利的消息，希望朝廷不要放弃。郑澈企图拥立光海君登上王位。光海君拜托众臣要协助朝廷渡过国难，并没有取代宣祖的意思。在明朝，朝廷大臣在为是否要派兵朝鲜引起激烈争论。
石星痛陈利害，指出了日军占领朝鲜会带来的恶果。万历帝决定派李如松去支援朝鲜。在平壤，小西行长再次停止进军，准备等日军完全占领朝鲜全境后再作打算。在日本，丰臣秀吉恼怒水军屡次被李舜臣击败。
前田利家推荐胁坂安治去对付李舜臣。在丽水，李舜臣要部下别埋怨庆尚右水使元均。在义州，许多大臣要跟随光海君建立分朝。柳成龙前往定州，看到很多百姓在抢夺官府粮食，上前阻止却被群殴。
韩剧惩毖录第22集剧情介绍很多城镇的乱民都趁乱抢夺官府的粮食。柳成龙感觉形势很严峻，便埋伏起来抓捕了这些乱民。
光海君和柳成龙没有处罚这些乱民，反而让他们从军。宣祖坚决不同意。明朝辽东副总兵祖承训率兵五千前来支援。
明军的到来令宣祖兴奋异常。臣僚们建议宣祖把明朝下赐的银两交给光海君抵抗日军，被宣祖反对。
祖承训轻视日军，号称可以迅速收复平壤。宣祖要内附辽东，万历帝根本不同意，想把宣祖打发到宽甸堡去。金贵人因此劝宣祖放弃了内附辽东的念头。宣祖假意要回到都城，却趁机收回了权力。
在日本，丰臣秀吉给胁坂安治提供了更多的军船，要他一定击败李舜臣。李舜臣与胁坂安治两支水军决定在见乃梁进行交战。
加藤清正带兵征服了咸镜道，得知了小西行长攻陷平壤城的消息。
光海君表示他也要带兵收复沦陷领土。柳成龙对此表示赞同，但却引起了宣祖的不满。
韩剧惩毖录第23集剧情介绍光海君重新安排八道军队抵御日军，并启用了老臣郑琢和败将李镒。柳成龙警告李镒不得再临阵逃跑。金公谅被金贵人安排在光海君身边监视他。光海君在郑琢的协助下来到伊川领导分朝。李舜臣的水军在闲山岛与胁坂安治的水军大战。李舜臣摆出鹤翼阵，包围了胁坂的舰队。
李舜臣经过激战击败了胁坂安治。在义州，宣祖气愤光海君擅自把分朝移动到伊川。群臣为光海君求情。宣祖认为这是挑战王权，竟然削夺了分朝所有大臣的官职。光海君想无视宣祖命令，仍然领导分朝大臣。郑琢劝光海君切莫如此。光海君只能磕头认罪。
宣祖便饶过了光海君这次。在全罗道，高敬命率七千义兵投奔权栗。权栗指挥官军和义军，防守梨峙和熊峙。权栗最终在梨峙击败了日军，但高敬命在偷袭日军后方时战死。在平壤，面对前有明军后方又不稳，小西行长感到根本无法继续进军，责怪玄苏没有成功和议。同时，小西军中瘟疫流行，伤亡惨重。
在咸镜道，加藤清正打算活捉临海君。在日本，丰臣秀吉因为胁坂安治之败而震怒，前田利家劝秀吉饶恕胁坂。秀吉打算亲征朝鲜，命令前田留在日本防备德川家康。此时却传来了秀吉之母大政所夫人去世的消息。在朝鲜，飞击震天雷已经彻底制造完成。
韩剧惩毖录第24集剧情介绍李长孙完成了飞击震天雷的制造。在平安道，李元翼催促祖承训尽快出兵平壤，而祖承训却想不战屈人之兵。小西行长打算使用空城计引诱明军。
祖承训中计，带兵前往平壤。柳成龙虽然劝阻，但投降日军的平壤百姓依然骗取了祖承训的信任。在平壤城，明军被包围全歼，祖承训逃回明朝。宣祖失望至极。
郑琢劝光海君让宣祖内附辽东，被光海君拒绝。在全罗道，胁坂安治九死一生，而李舜臣却担心日军陆军袭来。李舜臣抓住了几个盗窃军粮的逃兵，为肃军纪将他们处斩。柳成龙抓到了投降日军的百姓，得知了平壤城日军的真实情况。宣祖病急乱投医，打算请女真族的努尔哈赤帮忙，被尹斗寿反对。
郑澈因此再次与尹斗寿密谋拥立世子登上王位。在明朝，万历帝仍然认为朝鲜与日本同谋，准备派官吏去直接管控朝鲜。在咸镜道，投降日本的朝鲜百姓抓捕了临海君和顺和君两位王子。
加藤清正威逼临海君写劝降书。小西行长则与石田三成密谋与明朝议和。在日本，丰臣秀吉祭奠母亲，却意外得知了淀殿怀孕的消息，便不再去朝鲜。
前田利家建议派陆军去对付李舜臣。郭再佑围攻妓院，杀死了投降日军的叛徒孔撝谦。
韩剧惩毖录第25集剧情介绍郭再佑杀死了叛徒孔撝谦，拿着首级去庆尚监营讨要兵器。在官兵拒绝之后，义兵擅自取走了兵器。庆尚道观察使金睟因此与郭再佑发生了冲突。
消息传到朝廷，宣祖对义兵的行为很是愤怒，要求义兵必须服从官兵领导。柳成龙在安州筹集军粮，得知官兵义兵矛盾后去找光海君商量。柳成龙建议光海君直接传达宣祖的御命给义兵。
郭再佑坚决反对御命，并上疏宣祖表达了拒绝官兵领导的意思。宣祖大怒，担心义兵比官兵建立更多功劳，宣布义兵都是逆贼。柳成龙劝宣祖要理解义兵的忠心。宣祖却再次疑心光海君的行为。
在咸镜道，日军搞不清楚到底该把临海君的劝降书送到哪个朝廷手中。加藤清正决定将劝降书送到光海君那边。在全罗道，李舜臣准备带领水军袭击日军后方釜山，郑运认为太过冒险要中敌人诡计。
李舜臣不听依然决定出击。朝廷此时又下赐军马给李舜臣让他用作陆战。在成川，光海君收到了加藤的劝降书。光海君不知该如何处理，反而对宣祖产生了恨意。最终光海君只能不顾临海君的生死，拒绝投降。
釜山浦海战，朝鲜军没能攻下釜山。郑运战死，李舜臣悲痛欲绝。在义州，明朝使臣沈惟敬到来，但却没有带来军队，令朝鲜朝廷大失所望。
韩剧惩毖录第26集剧情介绍沈惟敬没有带军队进朝鲜，引起了朝鲜君臣的担忧。沈惟敬单独与宣祖会谈，表示要去平壤城与日军谈判，并要求朝鲜朝廷无条件服从沈惟敬的谈判结果。宣祖惧怕明朝，只能答应。柳成龙尹斗寿坚决反对。
沈惟敬曾告诉石星，只有与日本和议才能解决朝鲜问题。光海君要去义州反对宣祖的决定，被郑琢阻止。然而此事却被金公谅传到了宣祖耳里。柳成龙以分朝的名义要与沈惟敬一同去平壤与日军谈判，但被宣祖阻止。
在平壤，沈惟敬要求日军撤兵，小西行长却要朝鲜割让大同江以南的土地。沈惟敬借口回北京请示皇帝，提出了五十日的休战期。沈惟敬回义州后告诉宣祖，明朝要利用这五十日调动军队。宣祖则下令严格执行五十日休战。
光海君不想休战，柳成龙建议以传令慢为理由偷袭日军后方。庆尚道兵马节度使朴晋使用飞击震天雷攻打了庆州城的日军。宇喜多秀家大怒，把责任推到了小西行长头上。小西认为该利用五十日休战期做好充分的战备。
宇喜多去平壤的消息被柳成龙探知。柳成龙希望光海君派兵截杀宇喜多。光海君便派李镒去偷袭宇喜多秀家。
韩剧惩毖录第27集剧情介绍李镒偷袭日军得胜归来，但是没有杀死宇喜多秀家。宣祖得知此事后异常震怒，气愤光海君擅自出兵打破休战期。宣祖要责罚光海君，被尹斗寿和郑澈阻止。李镒抓捕日军俘虏到义州，百姓们欢呼雀跃。宣祖尴尬地接受了百姓的欢呼和感谢。
在平壤城，小西行长以朝鲜百姓为人质，要求朝鲜释放日军俘虏。宇喜多秀家要进军义州报仇，被小西行长阻止。宇喜多回到汉阳，烧毁了历代朝鲜国王的陵墓。宣祖伤心之余，把责任推到了光海君头上。李德馨之母去世，李德馨只能回乡丁忧。
在日本，丰臣秀吉思考对付李舜臣的方法。前田利家建议攻打晋州城，就可以打通日军通往全罗道的道路。宇喜多秀家派细川忠兴去攻打晋州城。在丽水，李舜臣进行军队整备，并检验了新造的火药。在咸镜道，加藤清正要临海君再写劝降书。光海君还是不降，但是临海君被俘的事终于让宣祖得知了。金贵人劝宣祖一定要救临海君，否则光海君将名正言顺继承王位。
宣祖把光海君召到义州，光海君坚持不救临海君。郑澈引用明朝英宗皇帝被俘的例子劝宣祖不能对日军妥协，而宣祖坚持要花银子赎回临海君。光海君自告奋勇愿自己去替换临海君回来。宣祖反而对光海君的怨恨愈加严重。柳成龙得知日军要攻打晋州城的消息，便要光海君赶紧布置防御措施。
韩剧惩毖录第28集剧情介绍光海君表示一定要守住晋州城。柳成龙向宣祖报告晋州战事，宣祖非常悲观。郭再佑率领义兵援助晋州城。晋州守将金时敏部署官军和义军保卫晋州城。晋州保卫战战况惨烈，连百姓都上战场了。最终朝鲜军击退日军保住了晋州城，而金时敏却战死了。
光海君得知晋州大捷后兴奋得晕了过去。郑澈趁机建议宣祖出兵收复平壤，而宣祖却坚持要等明朝援军到来。在日本，丰臣秀吉反对与明朝议和，并派前田利家去朝鲜。在明朝，沈惟敬建议将朝鲜南部割让给日本。李如松征讨宁夏归来，万历帝大喜并犒赏了李如松。
石星希望能与日本和谈，万历帝不许，而李如松自信能一个月内击败日本。在朝鲜，日军对分朝的压力加大，光海君打算转移到龙岗。金公谅把金命元和百姓投靠光海君的消息告诉了宣祖。宣祖假装要禅位给光海君，以此试探臣子们的忠心。
西人党打算利用这个机会再次拥立光海君。而柳成龙却洞察了宣祖的真实想法。光海君也明白宣祖真意，所以再次磕头反对。柳成龙和懿仁王后警告金贵人不得再干涉政治。而金贵人之子信城君也于此时病死。禅位一事不了了之。与此同时，李如松率领明朝援军抵达了朝鲜。
韩剧惩毖录第29集剧情介绍李如松进入朝鲜，要让祖承训指挥朝鲜军队，遭到尹斗寿郑澈的反对。柳成龙担心军粮不足以补给明军。宣祖表示朝鲜君臣应该听从明朝的命令。尹斗寿好不容易劝李如松改变主意，但李如松要朝鲜军作为攻打平壤城的先锋。金贵人劝宣祖重用柳成龙取代尹斗寿。
柳成龙认为先收复平壤城再谈军队指挥问题。宣祖派柳成龙到前线协助明军攻打平壤。柳成龙设计抓到了偷卖军粮给日军的叛徒。柳成龙为明军纪，将这些叛徒都处死了。李如松在安州召开会议商讨平壤战备。李如松决定诱骗日军议和。
小西行长中计，派宗义智去和谈。宗义智遭到埋伏，被击败。惟政大师率僧兵支援明军。李如松率军包围平壤城。双方展开了激战。在明军的猛烈攻势下，日军渐渐抵挡不住。祖承训率军引诱日军出城，包围日军将之消灭。李如松开炮攻击平壤城。
小西行长要求日军誓死坚守七星门，却还是没守住。明军攻入平壤城内，却遭到日军埋伏，李如松受伤。李如松决定留出道路放小西行长逃走，柳成龙劝李如松不要这么做，李如松不听。柳成龙决定派朝鲜军偷袭逃跑的日军。
韩剧惩毖录第30集剧情介绍朝明联合军收复平壤，然而金敬老却放跑了小西行长。柳成龙要处死金敬老，被李如松阻止。逃跑途中的小西行长气愤异常，杀死了几个逃兵泄愤。宣祖赏赐了很多贡品犒劳明军，还让义军给明军搬过去了，并宣布要将朝鲜军队全部交给明朝指挥。
在汉阳，宇喜多秀家和石田三成准备集结北部的日军守卫汉阳。在平壤，李如松召开庆功宴。李德馨担心整日庆功会贻误收复汉阳的战机。
柳成龙赴宴，李如松刁难他要他北向敬酒。柳成龙念了李如松的诗，催促明军继续出征收复汉阳。李如松则担心军粮问题。为筹集军粮，光海君打算向宗亲征收粮食。
柳成龙则建议卖官筹粮。光海君的政策遭到宗亲的强烈反对。宣祖则打算趁机废除分朝。以宗亲为后盾，宣祖下令废除分朝，光海君得知后极度不满。
柳成龙劝光海君不要和宣祖继续对抗。在定州，宣祖与光海君会面，两朝合并，宣祖重掌大权。
在日本，丰臣秀吉对连续的败仗大发雷霆，砍杀部下。前田利家阻止了秀吉。在临津江，明军受阻无法进军汉阳。柳成龙表示会准备桥梁让明朝进军。
韩剧惩毖录第31集剧情介绍李如松被临津江所阻无法进军。柳成龙与部下使用桑结连日制造浮桥，终于让明军渡过临津江。但是李如松过江后驻守坡州仍然没有进攻汉阳。柳成龙派人去汉阳探查军情。在汉阳，宇喜多秀家为了防止城内朝鲜人作明军内应，即下令将城内所有朝鲜男人杀死。柳成龙得知情况后，跑去求李如松赶紧进军。
李如松还是不肯。柳成龙大发雷霆，要金命元率朝鲜军单独去进攻汉阳，被李如松阻止。消息传回定州，朝鲜朝廷大为震动。光海君去找沈惟敬，希望他能下令让李如松进军。此时辽东经略宋应昌到来，下令要李如松立刻进军汉阳。宋应昌把光海君求明军出兵的事情告诉了宣祖。宣祖因此对光海君擅自做主大为不满。
在坡州，李如松得知了日军从汉阳撤退的消息，便带领军队赶往汉阳。而骆尚志认为这是敌人的诱引策。果然在碧蹄馆，小西行长率军埋伏，截击了李如松。明军大败，伤亡惨重。李如松回军营便准备撤兵。柳成龙阻止明军撤退，朝鲜将领和明军将领发生冲突，李镒遭到殴打。
朝鲜朝廷对此感到不满，众臣一致要求朝鲜军脱离明军独立编制。宣祖将这个要求告知宋应昌。然而宋应昌却表示要带明军离开朝鲜回中国。宣祖挽留，宋应昌指出这是朝鲜大臣无谓的自尊心作祟。宣祖把责任推给众臣。李恒福推荐他的岳父权栗去对抗日军。柳成龙被封为三道都体察使，与权栗准备在幸州山城迎战日军。
韩剧惩毖录第32集剧情介绍柳成龙求李如松再次进军汉阳。李如松以加藤清正南下为由，率军返回平壤。此时权栗已经进驻了幸州山城。在汉阳，宇喜多秀家决心要攻取幸州山城，并要亲自指挥。在定州，宋应昌对碧蹄馆之败很是烦恼。沈惟敬建议与日军尽早议和，并汇报了朝鲜军的动态。
柳成龙找宋应昌希望他下令让李如松进军汉阳。宋应昌反而警告朝鲜军不要擅自行动。宇喜多秀家亲率三万大军围攻幸州山城。权栗等不到明朝援兵，只能自己做好战备迎战日军。柳成龙要宣祖亲自去求宋应昌出兵。不料沈惟敬挡驾。原来宋应昌去找李如松，命他不要进攻汉阳。
日军开始攻打幸州山城。权栗使用飞击震天雷神机箭等武器挡住了先锋小西行长的进攻。在开城的柳成龙想去援助权栗却被阻止。而权栗此时也面临弹尽粮绝的状况，幸亏李宾送来了补给。日军主力部队进攻幸州山城。权栗打伤了宇喜多秀家，迫使日军撤退。幸州之战朝鲜虽然胜了，但是伤亡惨重。
汉阳军粮不足，小西行长建议与明朝议和。而宋应昌则希望日军先撤出汉阳。沈惟敬建议把下三道割让给日本。宋应昌打算把碍事的柳成龙除掉。李如松面见宣祖，指责朝鲜军擅自发动幸州之战，并要将柳成龙罢职。
韩剧惩毖录第33集剧情介绍李如松威胁宣祖如果不罢免柳成龙，明军就撤军。此时权栗上状启，将幸州大捷的功劳全部加到了李如松头上。这是李恒福的解围之计。李如松只能放弃罢免柳成龙。柳成龙写信给李舜臣，要他追击即将撤军的日军。庆尚道难民逃到李舜臣军营，强迫李舜臣收留他们。
李舜臣不顾部下的反对，坚持收留难民，并打算屯田积累粮草。在平安道肃川，沈惟敬对宣祖提出要与日军议和，说是为了收复汉城。尹斗寿和郑澈反对无果。沈惟敬表示不会带朝鲜大臣去议和。柳成龙警告沈惟敬不得真心与日军议和。沈惟敬反而要柳成龙向明朝旗牌叩首，柳成龙拒绝。
在汉阳，加藤清正带着临海君归来，遭到小西行长的嘲笑。沈惟敬与小西行长谈判，双方互不相让。为了两国和解，两人打算用互相欺骗的手段说服明朝皇帝和日本太阁讲和。和议达成，沈惟敬回到肃川向宣祖邀功。柳成龙前来揭破沈惟敬的真面目。不料祖承训以对明朝旗牌不敬为由抓走了柳成龙。
宋应昌坚持要柳成龙叩首，柳成龙不肯，李如松要对他施以杖刑。光海君及时赶到，对明朝龙旗叩首，恳求宋应昌放过柳成龙。柳成龙无奈只能叩首。宣祖为此对光海君不满。在日本，丰臣秀吉得知了前线日军议和的消息，打算利用这个机会整备军队，并要在撤军前攻破晋州城。
日军撤出汉阳，明军拒绝追击日军。柳成龙安排朝鲜军队追击。而祖承训却在此时强迫所有朝鲜将领参加庆功宴。收复汉阳后，柳成龙望着遍地尸体痛哭不己。
韩剧惩毖录第34集剧情介绍柳成龙因为汉阳百姓的惨死而悲痛生病。在平安道，宋应昌故意指责朝鲜军阻挠明军渡过汉江，并怀疑朝鲜要与日本议和。宣祖申辩。
宋应昌假意表示一定会追击日军，要宣祖放心。李如松和其他明军将士却趁机饮酒作乐不思进军。骆尚志将宋应昌议和的消息告知了李德馨。而柳成龙在病愈后前往南方。宣祖允许了李舜臣收留难民屯田储粮的行为。
此时李德馨将宋应昌与日军议和的消息告诉了宣祖。尹斗寿建议派李德馨作为谢恩使去北京，顺便将宋应昌议和的消息告诉明朝皇帝。不料宋应昌截住李德馨，强行搜身，搜出了宣祖给皇帝的密信。宋应昌对宣祖兴师问罪，申明无意与日本议和，并威胁要撤走全部明军。
尹斗寿建议宣祖干脆放手让朝鲜军单独对抗日军。金命元等人因此率兵南下。宋应昌对宣祖的作为极度不满，打算详细调查下世子光海君。金公谅的细作将宋应昌的消息告知金贵人。金贵人宴请宋应昌，同时也请来了光海君。
席间，宋应昌试探光海君，光海君不小心露出了自己的野心。在日本，丰臣秀吉同意明朝的和谈条件，但下令要动用大规模兵力攻破晋州城。
在釜山，宇喜多秀家率领全部军队出发攻打晋州城。宣祖去求宋应昌出兵援助，宋应昌反而讽刺宣祖没有信义。
最终晋州城陷落，城内百姓惨遭屠杀，明军旁观不救。在丽水，柳成龙与李舜臣会面。李舜臣带柳成龙看了难民屯田的景象，表示要恢复民心再造山河。
韩剧惩毖录第35集剧情介绍柳成龙对李舜臣军营里的屯田景象甚为感慨。而李舜臣的部队终于成功制造了自己的鸟铳定铁铳筒。在平安道，宣祖对晋州城之败甚为担心，还是坚持希望明军能继续出击。
在北京，郑澈向石星禀告了宋应昌与日本议和之事，不料石星却对此置之不理。在日本，淀殿再次怀孕，丰臣秀吉非常兴奋。
小西行长和石田三成回到日本，希望秀吉能接见明朝使臣谢用梓。秀吉盛气凌人，要求谢用梓同意将朝鲜下三道割让给日本，并威胁要继续进军。
小西行长回到釜山后会见沈惟敬。在沈惟敬的指导下，小西行长写了日本向明朝称臣的假国书。小西担心朝鲜从中作梗，沈惟敬透露了更换朝鲜国王的计划。为稳住朝鲜，小西行长说服加藤清正释放了两位朝鲜王子。
柳成龙在伊川发现明军掠夺朝鲜百姓的耕牛。因为明军要用耕牛代替军粮。柳成龙怒气冲冲地找到祖承训，要他归还耕牛。祖承训不肯，柳成龙以死相逼。原来碧蹄馆之战后明军也像日军那样掠夺朝鲜百姓的财物。
临海君回到朝廷，对光海君之前不肯救自己一事耿耿于怀。宋应昌声称倭国已经向明朝投降，向宣祖邀功。而宣祖却要求宋应昌能够真正地消灭日军。柳成龙向宣祖献上了定铁铳筒，并建议成立训练都监养成军队。
骆尚志表示愿意派出教官，帮助朝鲜军队提高战斗力。柳成龙还希望能给有能力的贱民免贱，让他们为国效力。
韩剧惩毖录第36集剧情介绍柳成龙提出给贱民免贱，鼓励他们为国效力。宣祖担心此举会遭到两班贵族的强烈反对，让备边司去讨论。光海君向宣祖表示免贱会加强宣祖的王权。但是宣祖却怀疑金贵人与光海君秘密联手。
柳成龙让李德馨等人设法说服各地的官员赞同免贱。尹斗寿反对免贱，得到了司宰监正柳祖訒的支持，还认为免贱会破坏国家秩序。柳成龙与柳祖訒发生了激烈的争执。柳祖訒动用两司官员逼迫宣祖放弃免贱的想法。宣祖让柳成龙出任备边司都提调，召集各地军官进京，共同讨论免贱问题。各地军官一致同意免贱充军。
宣祖也做了最终决定。免贱法实行，很多贱民都投身军队，在训练都监训练，连柳成龙的属下也加入了。在庆尚道，义军首领郭再佑要求不顾明军的反对由朝鲜军单独进攻日军，遭到了金睟的反对。
郭再佑不听金睟的命令，自行率领义军偷袭了日军的军营。之后郭再佑辞去了官职率领义军回到了乡野。郑澈从北京回国，告诉宣祖自己在北京并没有取得明朝朝廷的帮助。郑澈重病缠身，又被各级官员弹劾，无奈辞官回乡，不久病逝了。在得知训练都监使用明朝兵书的消息后，宋应昌怀疑明军内部有人帮助朝鲜。
宋应昌约见光海君，希望他能去南方再次建立分朝抗击日军。宣祖希望宋应昌继续进军，宋应昌表示要得到皇帝指示再去做。同时，宋应昌正式向宣祖要求再建分朝。
韩剧惩毖录第37集剧情介绍宋应昌提出重设分朝，遭到了朝鲜君臣的一致反对。李恒福指出这是宋应昌干涉朝鲜内政。金贵人指示其弟金公谅继续探查宋应昌的动向。李德馨与李恒福拜托骆尚志去阻止宋应昌，但骆尚志表示爱莫能助。宣祖只能派尹斗寿去恳求宋应昌罢手。
光海君怒气冲冲来找宋应昌，要他不要陷自己于不忠之地。而宋应昌却表明要立光海君为新国王的想法。尹斗寿要求宋应昌收回重设分朝的意思，并以死相逼，而宋应昌不为所动。光海君被宋应昌的言辞所惑，终于流露出了对王位的野心。
金贵人通过金公谅得知此事后，感到要帮助宣祖。宣祖会见光海君，试探他真实的想法，而光海君表示要宣祖放心。柳祖訒希望光海君一定要接受宋应昌的好意。
柳成龙得知此事后，决定出面干预。金贵人将光海君与宋应昌密会的事情告诉了宣祖，表明她永远忠于宣祖。柳成龙反复劝解光海君，希望他能放弃对抗宣祖的想法、把国事放在第一位。光海君最终被柳成龙说服，假装生病并拒绝了宋应昌重设分朝的请求。
宋应昌的阴谋被挫败，于是便要求李如松把明朝大军撤回辽东。李舜臣上书希望明军能和朝鲜军一起攻打盘踞在釜山的倭军。但宋应昌却要求朝鲜军禁止出兵。
沈惟敬代表明军南下，以视察朝鲜军为名义，给李舜臣施压。李舜臣带沈惟敬观看了朝鲜军队的火器。沈惟敬要求李舜臣把所有的军粮交给明朝。.
韩剧惩毖录第38集剧情介绍李舜臣拒绝把所有军粮都交给明军。沈惟敬让步，只要七成军粮就行。李舜臣无奈同意，但是用盐代替米送给明军，确保自己军粮够用。朝鲜朝廷终于回到了都城。宣祖却挖苦光海君收获民心。光海君感到失落，懿仁王后宽慰光海君的心情。
宋应昌突访光海君，光海君只能装病应对。之后宋应昌对朝鲜朝廷宣布明军撤军。朝鲜君臣反复挽留都无法说服宋应昌。尹斗寿表示不需要明军就能击败日军。李恒福表示单靠朝鲜军不可能击退日军。
柳成龙去找宋应昌，表示不会把宋应昌割地议和的消息上报皇帝，最终说服宋应昌留下部分明军。然而明军诸将却不同意留在朝鲜。骆尚志挺身而出，希望留在朝鲜，并坦白自己帮忙训练朝鲜军队的事实。
李如松饶恕了骆尚志，同意他留下继续帮助朝鲜。明军撤回辽东，柳成龙升任领议政。宣祖在都城亲自给难民发放粮食，表示一定会驱逐倭军收复全境。而柳成龙收到了宋应昌要求光海君去下三道的书信。明朝使臣司宪来到朝鲜，带来了皇帝的敕书。
敕书问罪宣祖失国之罪，要求光海君前往下三道建立分朝。朝鲜朝廷大为紧张。柳祖訒再次劝说光海君接受明朝的意思。宣祖召集群臣，宣布要让位给光海君，态度甚为坚决。
柳成龙问宣祖是不是真心的，并表示会派人尽力去明朝斡旋。光海君要去找宋应昌，被柳成龙阻止。光海君却表示希望宣祖废除自己的世子之位。
韩剧惩毖录第39集剧情介绍柳祖訒劝光海君接受宣祖的禅位，柳成龙阻止光海君去找宋应昌。光海君反而率领群臣向宣祖提出废除自己的世子之位，宣祖却怀疑光海君有野心。宋应昌和司宪都对光海君的行为感到担忧和不解。
宣祖要光海君去找司宪把事情说清楚。光海君希望司宪能留给自己时间说服宣祖。柳成龙表示相信光海君真正的忠心。光海君持续在宫外恳求宣祖收回禅位的命令。宣祖宣布不会禅位，光海君还是希望宣祖能废除自己的世子之位。
柳成龙想拉拢司宪对付宋应昌，尹斗寿让其弟探知司宪与宋应昌在明朝是政敌。柳成龙和尹斗寿将宋应昌与日本议和的消息告诉了司宪，司宪对此极为不满，骆尚志对此事作了证明。
另一方面，沈惟敬搜查朝鲜谢恩使一行，却没有发现其中藏着的朝鲜写给明朝皇帝的密信。司宪面见宣祖，要求光海君去下三道负责抚军司，宣祖拜托司宪能将战争实情告诉皇帝。尹斗寿想陪光海君去下三道训练军队攻击日军。
在义州，宋应昌希望司宪不要把一切告诉皇帝，被司宪拒绝。在北京，朝鲜谢恩使和司宪向万历皇帝揭露了宋应昌与日本议和的真相。
万历帝大怒，将宋应昌撤职查办。在釜山，宇喜多秀家担心宋应昌下台会影响明日议和。而小西行长却表示要等宗义智回来再说。在朝鲜，宣祖要光海君去下三道。柳成龙开会讨论设立抚军司一事，尹斗寿却坚持要求不等明军援助由朝鲜单独攻击日军。
柳成龙不同意，与尹斗寿发生冲突。尹斗寿把他的想法告诉了宣祖。宣祖很疑惑，金贵人指出光海君如果去下三道肯定会收揽民心。.
韩剧惩毖录第40集剧情介绍柳成龙建议宣祖将尹斗寿和李恒福派去抚军司，以避免他们有过激举动。金贵人劝宣祖接受柳成龙的提议，可以让尹李二人制约光海君。李德馨和金应南反对柳成龙的提议，柳成龙表示他的真正目的是再造山河。
李德馨只能去劝说李恒福接受。不料遭到李恒福和尹斗寿激烈反对。柳成龙力劝尹斗寿无果。宣祖亲自出面劝说尹斗寿前往下三道抚军司。光海君临行前，宣祖要求他明白本分不要有多余的野心。李德馨也为李恒福送行。
1594年初，光海君尹斗寿等人出发南下前往下三道。光海君对下三道的惨状很是不满，打算私自举行科举选拔人才。此事传到李舜臣军营，李舜臣禁止手下军士参加科举。为了满足军士的需求，李舜臣请求光海君在军营单独举行科举。
尹斗寿对此坚决反对，甚至怀疑李舜臣别有用心。光海君要召见李舜臣当面解释清楚。可是李舜臣说自己不能离开军营。尹斗寿因此更是认定李舜臣的野心，决定亲自到军营看看实情。在都城，柳成龙提出要实行作米法解决粮食问题。
宣祖表示很难实行这种触及两班贵族利益的政策。李舜臣在军营举行的考试卓有成效，却被尹斗寿发现了。尹斗寿狠狠地教训了李舜臣，李舜臣申辩无果。回到抚军司后，尹斗寿希望光海君能惩处李舜臣。光海君指出尹斗寿是在公报私仇。.
韩剧惩毖录第41集剧情介绍光海君明确表示支持李舜臣的做法，引起了尹斗寿的不解。柳成龙希望尽快实行作米法，遭到了宣祖的反对。此时一个叫宋儒真的百姓发动叛乱。李镒建议集中力量速战速决。
很快叛乱就被李镒镇压了。柳成龙亲自审问俘虏叛乱的原因。俘虏表示是受不了苛政才造反的。柳成龙因此再次劝宣祖实行作米法。宣祖的回答是模棱两可，等于默许柳成龙做这件事。
李德馨和李元翼都表示支持柳成龙。柳诅訒和金应南反对，竟然激怒了柳成龙。柳成龙坚决要推行作米法。
然而，大批两班贵族齐聚宫外一致要求柳成龙下台。宣祖让两班进宫，正反双方公开辩论作米法是否应该实行。柳成龙直指两班用劣质粮食上交朝廷。
最终宣祖还是支持柳成龙。作米法正式推行，赢得了民心。在全州，光海君视察了军队。尹斗寿建议突袭南部的日军。宣祖为了打击光海君竟同意此事。
尹斗寿担心明朝问罪，准备以自己的名义调动军队。尹斗寿亲自拜访权栗，命令他进攻日军。而李舜臣也接到了命令，却担心这是尹斗寿布下的局。
之后李舜臣决定带领一半的板屋船出征。而此时义兵首领金德龄赶来相助。
韩剧惩毖录第42集剧情介绍李舜臣准备出兵，百姓们送来了军粮劳军。在釜山日军军营，加藤清正指责小西行长与明朝议和失败。宇喜多秀家要加藤清正去对付李舜臣。
加藤打算固守城池不出海迎敌。李舜臣因此撤兵了，但义兵金德龄却执意去偷袭日军。加藤引诱金德龄深入，反将义兵击溃。
尹斗寿得知后，怀疑是李舜臣畏敌避战。在日军军营，小西行长嘲笑加藤清正并没有真正击败李舜臣。
在汉阳，柳成龙将尹斗寿擅自出兵一事告诉了宣祖，并怀疑是宣祖下了密旨。宣祖顺水推舟把责任推给了光海君，并下令废除抚军司。消息传到全州，尹斗寿准备负担一切责任，光海君却接受了宣祖的旨意。
在北京，万历皇帝接见了日本使臣宗义智。宗义智代表日本投降明朝，希望得到明朝的封贡。石星认为明朝没必要再为朝鲜耗费人力物力。万历帝决定册封丰臣秀吉为日本国王。
在日本，丰臣秀吉庆贺儿子拾丸诞生。此时有人举报秀吉养子秀次企图谋反。秀吉打算利用这个机会除掉秀次和其他反对自己的领主。在朝鲜，光海君回到汉阳，包揽了全部的责任。
金贵人建议宣祖废除光海君的世子之位。柳祖訒表示一定会帮助光海君登上王位。而柳成龙则指出了宣祖的心病，希望宣祖能顾全大局。光海君交还了世子印信。
宣祖大喜，不料柳祖訒率领一众官员威胁宣祖饶恕光海君。宣祖不理，柳祖訒等官员干脆辞官了。
宣祖大怒，要柳成龙把官员们都带回来。柳祖訒不肯回去。光海君表示有能力带回官员，但要宣祖奏请明朝正式册封自己为朝鲜世子。
韩剧惩毖录第43集剧情介绍宣祖同意了光海君的请求，派出奏请使到明朝去请封世子。柳祖訒很高兴，希望光海君能支持北人党复权，并表示要反抗柳成龙的南人党。另一方面，柳成龙告诉李德馨，明朝决不会册封非嫡长的光海君为世子。而宣祖总算把长门浦海战的责任推卸到尹斗寿身上。尹斗寿希望宣祖要小心李舜臣。庆尚右水使元均上疏给宣祖，诬告李舜臣是长门浦海战的罪魁。宣祖下教书斥责李舜臣。李舜臣军营中愤愤不平。
李舜臣会见元均，希望他不要再做分裂水军的事情。而元均反而指责李舜臣违反上司的命令故意避战。为了对付元均，李恒福上疏给宣祖，把元均调任为忠清兵使，防止水军内斗。
在釜山，日军担忧和谈无果明军会再次出击，小西行长坚信和谈会成功。加藤清正打算另辟蹊径自己去与朝鲜议和。柳成龙打算利用这个机会打击日军。惟政和尚作为代表与加藤清正议和，并因此打听到了明朝与日本和谈的内容。
小西行长大怒，与加藤清正爆发冲突。宣祖得知明朝要朝鲜割地给日本的消息后，打算派李舜臣再次进攻日军。此时沈惟敬再到朝鲜，向朝鲜通报了日本向明朝投降和册封日本国王的消息。
朝鲜君臣大怒，沈惟敬反而警告朝鲜不得妄动。柳成龙预感明日和谈必定失败，战争会再次爆发。在日本，丰臣秀吉诬陷养子丰臣秀次谋反，并且逼他切腹自尽。在朝鲜，柳成龙等人研究了防御战争的方案，呈交给宣祖，并提出建立一支不分地位身份都能参加的束伍军。
韩剧惩毖录第44集剧情介绍柳成龙等人的备战方案由于触及了两班贵族的利益，遭到了宣祖的反对。光海君表示支持束伍军的方案，并说服宣祖同意了这个方案。而柳祖訒对光海君赞成柳成龙方案一事感到不满。李德馨劝柳成龙暂缓束伍军的方案，柳成龙却执意实行，并感谢光海君的支持。柳成龙一系列触犯两班的政策最终使他遭到了孤立。
在釜山，宗义智向小西行长汇报了去北京和谈的成果。小西对和谈结果不满，便找沈惟敬商量对策。两人密探之间商定了日本如何对待册封使的细节。另一方面，朝鲜内部爆发了李梦鹤之乱。李梦鹤用粮食召集了大批百姓起兵造反。李梦鹤还煽动很多义兵参与造反。备边司会议商讨镇压叛乱的对策。
柳成龙认为应以招抚为主。而宣祖却命令李镒用强硬手段镇压叛军。李梦鹤打算拉拢义兵金德龄围攻洪州。而柳成龙则派人潜伏在李梦鹤的军中，试图说服百姓离开李梦鹤。离开的百姓回到了金德龄的义军中。而有些百姓竟然刺杀了李梦鹤。李梦鹤残党诬陷金德龄也参与叛乱。金德龄莫名担上了叛乱的罪责，被李镒抓到了都城。
光海君要出面解救，被柳祖訒阻止。柳祖訒向光海君举荐了李尔瞻作为其谋士。宣祖执意要处死金德龄，并要求柳成龙逼迫金德龄亲口承认罪行。柳成龙坚决反对，惹得宣祖大怒。柳祖訒和李尔瞻企图拉拢尹斗寿对付柳成龙，而尹斗寿却销毁了对柳成龙不利的招辞。尹斗寿出面为金德龄求情。宣祖最终答应只处死金德龄一人而饶恕其他义兵。柳成龙依然反对，被尹斗寿阻止。
韩剧惩毖录第45集剧情介绍尹斗寿说服柳成龙把罪责归于金德龄一人身上，防止事态扩大。金德龄受到严刑拷打，他希望不要怪罪其他义兵，终死于拷问之下。李德馨也因此被迫辞职。在釜山，加藤清正阻挠两位明朝使臣去日本，并威胁他们不得与小西行长私下沟通。
在日本京都，小西行长一时没找到西笑承兑，只得与沈惟敬去见丰臣秀吉，说服他把加藤召回了日本。在朝鲜，光海君认为战争结束前不宜除掉柳成龙。李尔瞻建议为己丑狱事下台的北人党官员伸冤复权。北人党积极谋划，朝鲜再次陷入党争之中。
光海君要柳成龙奏请宣祖为北人党伸冤复权。柳成龙同意，遭李德馨李恒福反对。柳成龙执意给宣祖奏请。宣祖根本不同意。李恒福去劝说尹斗寿帮忙奏请，尹斗寿反对，两人发生了激烈的争执。连金贵人都去劝说宣祖给己丑狱事平反，希望宣祖能利用这个机会平衡朝廷里的党派势力。
宣祖终于同意平反，北人势力恢复了起来。在大阪，沈惟敬被任命为新的册封使。加藤清正要找小西行长报仇，被宇喜多秀家阻止。在闲山岛，李舜臣收到柳成龙的来信，柳成龙希望他不要被金德龄事件牵连。此时釜山日军在逐渐撤退回日本。李舜臣认为明日议和一定会失败。
柳祖訒因为他想要的名单人员没有完全复权，所以愤怒声讨南人。光海君出面，斥责了柳成龙。李尔瞻认为该处掉柳成龙。在日本，西笑承兑拒绝帮助小西行长伪造国书。小西行长非常失望。丰臣秀吉接见明朝使臣，对明朝国书非常不满。.
韩剧惩毖录第46集剧情介绍丰臣秀吉不满明朝国书，终于识破了小西行长与沈惟敬造假的谎言，气愤之余要杀小西，被前田利家阻止。小西与沈惟敬互相推诿责任，然后沈惟敬逃离了日本。前田利家提出再次侵略朝鲜以转移国内矛盾，并建议让小西行长戴罪立功除掉李舜臣。册封失败的消息传到朝鲜，宣祖大惊失色，而柳成龙认为朝鲜的实力比壬辰年有很大的提高。
备边司会议上，尹斗寿提出集中兵力先发制人攻击日军，遭多数臣僚反对。尹斗寿愤愤不平，找来元均，希望他能率水军在海上阻挠日军登陆。而元均则趁机污蔑李舜臣消极避战。另一方面，光海君打算召集义兵对付日军，被李尔瞻阻止。
在北京，万历帝终于明白了封贡完全是一场闹剧，便将石星打入了大牢。在日本，小西行长献上了离间计对付李舜臣，得到了丰臣秀吉的采纳。秀吉召集了所有领主，下达了再次进攻朝鲜的命令，并任命加藤清正为第一军先锋将。小西回到朝鲜，故意将加藤走西生浦进入朝鲜的情报透露给权栗。
权栗信以为真，奏请宣祖派兵伏击。备边司会议上，尹斗寿认为这是好机会，而柳成龙则希望慎重。在水军营，将领们普遍认为这是假情报。而李舜臣却担忧朝廷不这么认为。宣祖下达命令要李舜臣去西生浦歼灭日军。
李舜臣犹豫再三，为免水军无谓牺牲，决定抗旨不出兵。加藤清正真的率军从西生浦进入朝鲜。宣祖得知后大怒。尹斗寿建议严惩李舜臣。柳成龙阻止未果，宣祖下令逮捕李舜臣。.
韩剧惩毖录第47集剧情介绍宣祖下令将李舜臣押送到禁府。军营里将士们泣不成声。尹斗寿和金应南向宣祖推荐元均接替李舜臣。柳成龙对此无能为力。元均在李舜臣面前炫耀，李舜臣希望他善待军中将士。
在釜山，日军庆祝李舜臣下台。加藤清正痛斥小西行长利用了自己。在都城，柳成龙在光海君的帮助下探望了下狱的李舜臣。李舜臣求柳成龙不要为自己求情。
金应南不顾李舜臣的便捷持续对李舜臣用刑。在水军军营，元均饮酒作乐，遭到了李舜臣部下的斥责。柳成龙恳求光海君救救李舜臣，并表示李舜臣的性命比自己更重要。
柳祖訒和李尔瞻阻止了光海君救李舜臣。朝会上众臣恳求宣祖饶恕李舜臣。柳成龙求尹斗寿不要逼死李舜臣，尹斗寿拒绝。
柳成龙只能向宣祖辞官，宣祖不同意。金贵人也劝宣祖放过李舜臣。郑琢上疏宣祖恳请饶恕李舜臣。宣祖终于同意不处死李舜臣。
李舜臣白衣从军，柳成龙嘱咐他务必活下来。李舜臣之母病故，李舜臣悲痛欲绝。水军在元均的带领下逐渐没落。
在日本，丰臣秀吉对李舜臣下野一事大喜，立刻派遣大军攻打朝鲜。宣祖下令水军出击迎战日军。.
韩剧惩毖录第48集剧情介绍权栗看望李舜臣，李舜臣认为日军出击的情报是引诱计策。宣祖下令水军迎战日军。元均不顾部下的反对，执意出战，最终被日军击败。宣祖大怒，命元均继续出战。
元均认为水军需要整备不适合出战，便派宋希立去找权栗解释。权栗把元均抓来，严刑拷打，逼迫他出战。李舜臣也出面恳求权栗希望暂缓出战。权栗不肯。元均只得带兵出战。
在漆川梁海战中，遭到日军胁坂安治攻击的朝鲜水军全军覆没，元均也战死了。权栗无奈向李舜臣致歉，并上疏朝廷让李舜臣复职。消息传到都城，宣祖惊慌失措，同意让李舜臣复职。
李恒福认为可以依靠明军防备日军。明朝经理杨镐来到朝鲜，希望设置经理衙门统管军务。宣祖坚决支持杨镐。但是柳成龙却担心杨镐轻敌。李舜臣回到军营重新整备军队。
宣祖要把水军编入陆军，李舜臣反对。在日军军营，日军庆祝朝鲜水军的覆灭。随后日军大举进攻，到处屠杀朝鲜百姓，并割下朝鲜人的鼻子。全罗道被攻陷，朝鲜朝廷震动。
宣祖准备再次播迁，遭柳成龙反对。在经理衙门，杨镐气愤明军无能，与权栗商定在稷山攻打日军。柳成龙担心军粮筹措问题。此时李山海突然归来，指责柳成龙没有把国事做好。
原来宣祖召回李山海是准备在战后对付柳成龙。尹斗寿也对此表示了担忧。稷山之战大胜，李舜臣率领残余的朝鲜水军准备迎战日军。.
韩剧惩毖录第49集剧情介绍李舜臣准备率领12艘仅存战舰迎战日军。经过会议讨论，李舜臣决定利用鸣梁的地形歼灭日军。鸣梁海战李舜臣击退了日本水军。在日军军营，宇喜多秀家准备继续进军全罗道，却得到了水军战败的消息，无奈只能退回庆尚道。
在日本京都，丰臣秀吉不满前线日军的战果，准备亲征朝鲜，却吐血倒地。在朝鲜，杨镐提出对蔚山的岛山城进行攻击。朝鲜群臣赞同，唯独柳成龙表示担忧，决定与杨镐同去蔚山。北人党担心柳成龙通过此战获得民心，而李山海斥责了李尔瞻不顾战乱只顾党争的想法。可是李山海真正的用意却是想让柳成龙功高盖主令宣祖不满。
岛山城之战，加藤清正遭到明军围攻。军粮用尽后，加藤只能杀马充粮。日军坚守不降，明军攻不下来。此时又传来日军援军过来的消息，杨镐不顾柳成龙的反对执意要率领明军撤退。不料杨镐却谎报岛山大捷，还大摆庆功宴。因此明朝朝廷派来使臣将杨镐抓走。消息传到朝鲜朝廷，宣祖打算派奏请使去明朝把杨镐救回朝鲜。
柳成龙不愿意担任奏请使救回杨镐，希望朝廷能支持新任经理丁应泰。柳成龙抗命不遵，引起了朝鲜君臣的一致不满。北人党打算利用这个机会把柳成龙搞下台，并污蔑柳成龙与日本议和。柳成龙与李山海会面，希望北人在战乱结束前不要再党争了，并表示自己在战乱结束后会主动下台的。
李山海指出宣祖才是幕后真正的主使。李德馨恳求宣祖不要抛弃柳成龙。在日本，丰臣秀吉病重而亡，临死前下令撤军。小西行长认为只要有李舜臣在就不会平安撤军。在朝鲜，宣祖下令对日军进行总攻击。
韩剧惩毖录第50集剧情介绍(大结局)李舜臣要水军做好准备歼灭逃走的日军。宗义智贿赂明朝水军都督陈璘，希望他能对日军网开一面。加藤清正整军准备撤退，感叹在朝鲜一事无成。
宣祖召见王室成员，临海君想当世子被宣祖驳回。宣祖告诉光海君没有明朝诰命就不能称作真正的世子。光海君找李山海，希望北人党能做自己的后盾，并表示支持北人党除掉柳成龙。
李山海又找尹斗寿，寻得了西人的支持。朝廷众臣集体弹劾柳成龙。金贵人劝宣祖不要抛弃柳成龙，宣祖反而警告金贵人不要和光海君走得太近。尹斗寿来找柳成龙，柳成龙告诉他自己会在战乱结束后退下的。
在水军营，陈璘劝李舜臣放过日军，遭到李舜臣的怒斥。小西行长大怒，准备与李舜臣决一死战。李舜臣进行战前动员，希望众将士能把倭贼歼灭殆尽。在露梁，李舜臣率领朝鲜水军迎战胁坂安治的日本水军。
陈璘率明朝水军在后方待机。李舜臣率军对日军进行突击。双方激战正酣。宣祖召见柳成龙，两人敞开心扉彻谈。柳成龙主动辞职，而宣祖袒露了自己对君主权力的执着。柳成龙希望宣祖要珍惜对国家忠心的臣子和百姓。
露梁海战李舜臣大破日军，日军狼狈不堪。明军也趁势冲上。可惜李舜臣被敌军子弹击中，战死海疆。最终朝鲜水军击败了日军，结束了战争。柳成龙辞官回乡，将七年战争的历史写入了《惩毖录》一书中。
